1952年，王智涛担任上海防空司令部副司令一职，面临了多个选择的机会。炮兵司令陈锡联、海军司令萧劲光、装甲兵司令员许光达以及防空部队司令周士第等军兵种司令员都纷纷邀请他加入他们的队伍。面对如此众多的邀请，王智涛已经心有所属，决定选择加入防空军。

这一年对王智涛来说，注定是无法忘记的。因为在三反运动中，有人将他无辜牵扯进来，他接到通知，被要求前往北京接受审查。尽管他内心感到委屈，但他也理解上级需要时间调查事情的真相。在这段时间里，王智涛始终坚持自己的信念，最终真相大白，得到了公正的处理。陈老总后来对他说了几句让他深受触动的话：“对于组织的审查，我们不能心存不满，党的利益永远高于一切，个人的委屈算不了什么。我相信你一定不会斤斤计较，也不会与某些人计较。其实，我也曾受到误解，曾经遭受过诬陷，但我始终坚持一个原则——大局为重，实事求是。只要坚守这个原则，很多风浪都能迎刃而解。”

就在此时，关于华东防空军司令部和上海防空司令部换将的消息传来，有人劝王智涛不要再回去了。许多曾经的老首长和战友都已经在军兵种司令员的岗位上，纷纷邀请他加入他们的队伍。抗战时期，王智涛曾在炮兵司令员陈锡联麾下担任参谋长，陈锡联邀请他加入炮兵部队；海军司令萧劲光希望他到海军工作，负责院校方面的事务；防空部队的周士第则希望他继续留在防空部队，转为教学工作；而老首长许光达则在装甲兵司令员的岗位上，也希望他加入装甲兵。

面对四位军兵种司令员的热情邀请，王智涛开始认真思考，虽然内心早已有了决定。许光达曾在抗大担任训练部长和教育长，而王智涛也一直在他身边担任副部长、部长等职务，二人有着深厚的信任和感情。王智涛将自己的困惑坦诚相告，向许光达请教。四位老首长的邀请让他倍感为难。毕竟，他在防空部队工作了两年多，已经有了一定的基础，再转到海军、炮兵或装甲兵，他必须重新学习，这让他有些不舍于离开防空部队。

许光达听后，十分佩服王智涛的坦诚：“你不为名利，只为一心搞军队建设，这种胸怀令人敬佩。当年你从军事学院训练部副部长的位置上调到上海防空部队担任副司令，现在已经有了更高的职位，但你依然选择一个相对较低的职位，这种态度值得我学习。”不过，许光达也提出了自己的看法：“从防空部队的党职、保卫华东以及抗美援朝空防协同作战的角度来看，防空部队和空军的关系非常密切，未来防空部队与空军合并的可能性非常大。如果你选择转去海军、炮兵或装甲兵，万一将来发生合并，你又回到了空军，到时你可别后悔。”

许光达的预见非常准确。1950年，为应对蒋军的袭扰，上海成立了防空司令部，并且得到了苏联援助的歼击机、雷达和探照灯等设备。此后，华东军区空军成立，兼任上海防空军司令部，聂凤智担任司令。几个月后，聂凤智前往朝鲜战场，华东空军与上海防空司令部再次分开，直到几个月后，两者再度合并，组成了华东防空军司令部兼上海防空司令部，郭化若和成钧先后担任司令。那时的空军已经是一个庞大的军种，而防空部队仅仅是一个兵种，虽然两者的职责类似，空军负责领空防空，而防空部队则负责国土防空。

1955年，我军效仿苏军建制，成立了防空军，成为与陆海空、公安军并列的五大军种之一。然而，随着防空军与空军职能的重叠，1957年，五大军种被合并为陆海空三大军种，防空军也并入了空军。这一系列变化让王智涛并未过多考虑到。他更关心的是自己在军事教育方面的经历，毕竟他一生中并未担任过校长，因此他希望能在防空学校任职。虽然他知道许光达的分析有道理，但他依然心系防空事业，最终决定不再考虑其他选择，答复周士第同意赴防空学校工作，并将决定告知了萧劲光和陈锡联。

不久后，王智涛被任命为防空校长，前往南昌办学。两年后，他被调任为高级防空学校校长，一干就是六年。在负责防空兵学校的工作时，正如许光达所预见的那样，1957年，防空军与空军合并，防空兵学校也进入了新的发展阶段。1960年，王智涛被免去空军高级防空学校校长职务，虽然离开时有些失落，但当他调往军事科学院工作时，心情顿时轻松了许多。