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1964年，国家号召全国人民向解放军学习！

为进一步加强地方的政治工作，上级决定在国家各个机关中成立政治机构，以便更好地统筹和管理政治工作。工业交通部、农林部、财经部等多个部门积极响应号召，迅速创建了各自的政治部，并从军队调拨了干部，担任政治部的主任、副主任等重要职务。这一决定不仅加强了政治工作，也为各个部门注入了新的活力。

调动部委机关以增强政治工作虽然是必要的，但并不是没有门槛。这些被调入的干部年龄一般在四十至五十岁之间，且必须是正军职以上的人员。比如，邓东哲从福州军区的空军副政委调任到工业交通部担任政治部副主任，而吕清则是从沈阳军区的工程兵政委转任农林部负责政治工作的主任等。

对于邓东哲来说，这份调动来得颇为突然。作为一名在军队服役了数十年的官员，他对军队的情感深厚，对于转变的想法心有所不甘。吕清在其回忆录中也提到过，对于地方工作他并不愿意去承担，甚至在军区的政委与他谈话时，强调这是一项光荣而伟大的任务，必须服从组织的决定。两人转入地方工作，心情上都带着一丝“被迫”的无奈。

军队与国家机关在工作性质上存在显著差异，这需要干部们进行相应的调整与学习。如何将军队中的政治工作经验有效地应用到地方工作中，是一个需深入研究的课题，而绝不能机械照搬。政治工作与业务工作之间是息息相关、相辅相成的，单纯偏重任何一方面都将导致工作失衡。

随后，一场大规模的运动随之展开，工作环境极为艰难，让邓东哲面临重重挑战。到了1969年，空军有意召回邓东哲回军队，拟任空军的副政委兼政治部主任。但地方同样急需干部，上级则明确表示：“不行，要像邓东哲这样的人才，多派几个过来正好！”这样的局面使得邓东哲只能继续留在地方。

不久后，国务院成立了一个业务组，并组成了计划委员会的领导班子，邓东哲被任命为国家计委的副主任。这一职务对国家的经济发展至关重要，使他在国家机关中的地位得到了进一步提升。

到了1978年，邓东哲在国家机关工作了十几年后，终于有了回到军队的机会。他找到了罗瑞卿，表达了自己的希望。罗瑞卿则告诉他：“你是国家计委的副主任，这个位置非常重要，并不是普通人能够轻易得到的。”尽管邓东哲依旧希望返回军队，最终上级同意了他的请求，1979年他被调任为工程兵部的副政委，位列大军区副职。

然而，仅仅在这个岗位上待了两年多，邓东哲就面临新的变动。上级决定将炮兵、装甲兵和工程兵进行合并缩编，移至总参的麾下，拟定副司令崔萍为新的部长，邓东哲则安排为政委。从大军区的副职变更为正军职后，邓东哲内心对自己年纪渐长感到不安，认为已经不适合再担任这样的岗位，因此请求离休或是退居二线以寻求更为平静的生活。